09.NGS softwaresバイオインフォ

#4【NGS】STARのインストール

Linux初心者で、Wet系研究者の方へ。

「STAR」のインストール手順を解説します。

ねこ研究員
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お急ぎの方は動画版をどうぞ!

動画の長さは1分です♪

【Linux】STARのインストール実況してみた【1分】

準備

ねこ研究員
ねこ研究員

まずは作業用フォルダ「mybin」を作りましょう。手順は以下です。

  1. Linuxのターミナルを開きます。
  2. 次のコマンドで「mybin」フォルダを作成します。
    mkdir mybin
  3. 以上で完了です。
作業用フォルダを作成する理由は次の2点です。(1)問題が生じた際に原因の特定がしやすい、(2)共用の場所を避けることで他ユーザに影響が出る可能性を抑える。

「STAR」のダウンロード

  1. ブラウザを開きます。
  2. 「STAR RNASeq」で検索します。
  3. STARのサイトに移動します。
  4. ダウンロード用のコマンドとして紹介されている下記コマンドをコピーし、ターミナルに戻って実行します。
    git clone https://github.com/alexdobin/STAR.git
    「git」コマンドはGitHubのサイトにあるソフトウェアを一発でダウンロードできる等をはじめとして、便利なコマンドです。 「samtools」などNGS解析関連のソフトウェアを利用する方であれば、「git」コマンドを利用できる環境にしておくことをオススメします。
    「git」コマンドのインストールについてはこちらです。
    「git」コマンドがインストールされているか分からない方:「which」コマンドで確認ができます。詳しくは「パスを通す」をご参照ください。

「STAR」のインストール

  1. 「STAR」のダウンロードによって生成された「STAR」のフォルダへ移動します。
  2. 「make」をします。
    make STAR

パスを通す

「.bash_profile」を編集して「~/mybin/STAR/source」をパスに追加してください。

上記がわからない場合は、「パスを通す」とはの記事を読めば分かるようになります。ご参照ください。