09.NGS softwaresバイオインフォ

#5【NGS】bowtie2のインストール

Linux初心者で、Wet系研究者の方へ。

「bowtie2」のインストール手順を解説します。

ねこ研究員
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「bowtie2」は「ボータイツー」と読みます。

ねこ研究員
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お急ぎの方は動画版をどうぞ!

60秒切り成功しました♪

【Linux】bowtie2のインストール実況【1分切り】

準備

ねこ研究員
ねこ研究員

まずは作業用フォルダ「mybin」を作りましょう。手順は以下です。

  1. Linuxのターミナルを開きます。
  2. 次のコマンドで「mybin」フォルダを作成します。
    mkdir mybin
  3. 以上で完了です。
作業用フォルダを作成する理由は次の2点です。(1)問題が生じた際に原因の特定がしやすい、(2)共用の場所を避けることで他ユーザに影響が出る可能性を抑える。

「bowtie2」のダウンロード

  1. ブラウザを開きます。
  2. 「bowti2」で検索します。
  3. bowtie2のページに移動します(下図の英語のサイトのことです)。
       
  4. 「SOURCEFORGE」のサイトに移動します。
  5. 最新版のフォルダをクリックします。
    (下図なら2.3.4.3)
  6. 「linux-x84」という文言の入ったファイルをクリックしてダウンロードします。

「bowtie2」のインストール

  1. ダウンロードした「bowtie2」のzipファイルを「mybin」に移動させます。
  2. ダブルクリックなどでzipファイルを解凍します。
  3. 「configure」などのインストールは必要ありません。
    解凍して生成されたフォルダ内に「コマンドのファイル」があるので、そのフォルダへパスを通してください。
    「コマンドのファイル」や「パスを通す」の意味がわからない方はこちらのページで解説しておりますので、是非ご覧ください。

補足:「bowtie2」とは?

このページにいらっしゃる多くの方は「bowtie2」についてご存知だと思いますが、説明いたします。

「bowtie2」はRNASeqのデータ解析において大活躍するソフトウェアです。

細胞から抽出して調製したmRNAライブラリを次世代シーケンサによって読むと、fastqというファイルとなって手元に返ってきます。

解析としてまず行うことは、fastqのgenomeやtranscriptomeへのmappingです。このmappingに使われるソフトは複数ありますが、その1つがbowtie2になります。

bowtie2は 50-100 bp あたりの短いリードをマッピングするときによく使われており、かなり前からありますが2019年現在でも使いどきはあると思います。

ただし、1つのリードが2つのエクソンに跨る場合は対応できないので、微生物におけるマッピングなどで利用をすると良いと思いますよ!

ねこ研究員
ねこ研究員

「bowtie2」のインストールは多分かなり簡単だと思いますよ!